Pochodzi z Sieradza. Na stałe związany z Wejherowem i Gdańskiem, gdzie od 2006 roku pełni funkcję organisty Archikatedry Oliwskiej jak również prezentera znajdujących się tam, słynnych na całym świecie organów.
Od 2010 roku pełni funkcję dyrygenta chóru Gdańskiego Seminarium Duchownego. Zajmuje się również działalnością dydaktyczną, prowadząc klasę organów w Szkole Muzycznej II st. im. Fryderyka Chopina w Gdańsku – Wrzeszczu, której uczniowie zdobywają najwyższe laury na konkursach muzyki organowej, a absolwenci z powodzeniem kontynuują naukę w uczelniach w Polsce i za granicą.
Błażej Musiałczyk jest dyrektorem Międzynarodowego Letniego Festiwalu Muzyki Organowej w Tucholi, pomysłodawcą oraz dyrektorem Międzynarodowego Festiwalu Muzycznego – Sieradzka Jesień Organowa oraz pomysłodawcą i dyrektorem Festiwalu Muzycznego „Niepodległa Wielu Wymiarów” realizowanym na całym Pomorzu. Ponadto Błażej Musiałczyk jest prezesem Fundacji Centrum Rozwoju Sztuki, w ramach której realizuje szereg działań promujących muzykę organową.
Na stałe współpracuje ze znakomitym trębaczem – Pawłem Huliszem ,zespołem Tubicinatores Gedanenses, z oraz sopranistką Małgorzatą Rocławską z którymi koncertuje na wielu festiwalach w Polsce i Europie.
Naukę gry na organach rozpoczął w Salezjanskim Liceum Muzycznym w Lutomiersku, w klasie mgr Michała Olszewskiego, kontynuującego tradycję słynnej szkoły organistowskiej w Przemyślu.
Jest absolwentem Gdańskiej Akademii Muzycznej w Gdańsku w klasie organów prof. Romana Peruckiego . Laureat III nagrody na Międzynarodowym Konkursie Muzyki Organowej w Rumi w roku 2005. W roku 2010 ukończył Podyplomowe Studium Chórmistrzowskie w Akademii Muzycznej w Bydgoszczy, a w roku 2018 Podyplomowe Studia w zakresie Zarządzania Oświatą w Wyższej Szkole Zarządzania w Gdańsku. Umiejętności gry doskonalił na wielu kursach mistrzowskich, prowadzonych przez wybitnych pedagogów  takich jak Olivier Latry, Peter van Dijk, Bruno Oberhammer, Wolfgang Deutsch, Jose Enrique Ayarra Jarne, Jaroslav Tuma, Julian Gembalski oraz Pierre Pincemaille i Wolfgang Seifen( improwizacja organowa). W roku 2006 wziął udział w nagraniu płyty „Wielkie organy Archikatedry w Gdańsku-Oliwie” która została nominowana do nagrody Fryderyka, a następnie uzyskała status złotej płyty. W 2017 roku nagrał płytę w Kościele pw. Św. Trójcy w Gdańsku wraz z zespołem trębaczy barokowych Tubicinatores Gedanenses. Wraz z trójmiejskimi organistami dokonał pierwszego na świecie nagrania wszystkich dzieł organowych Daniela Magnusa Gronaua. W roku 2019 został wyróżniony przez Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego złotym medalem „Zasłużony dla kultury Polskiej”
Posiada na swoim koncie nagrania dla radia i telewizji.
Koncertuje jako solista i kameralista.